1. 操作方式不同：自动档摩托车在行驶过程中，驾驶员无需进行换挡操作，车辆会自动完成升档或降档。而手动档摩托车需要驾驶员根据速度、路况等条件手动切换档位。
2. 驾驶难度不同：由于自动档摩托车无需驾驶员进行换挡操作，因此对于新手来说更容易上手。而手动档摩托车需要驾驶员具备一定的驾驶技巧和经验，否则可能导致车辆性能无法充分发挥或者出现故障。
3. 油耗和效率不同：手动档摩托车的油耗通常会比自动档摩托车低一些，因为手动档摩托车可以根据实际情况更精确地控制发动机转速，从而降低油耗。而在高速行驶时，手动档摩托车可以通过降档来提高车辆的加速性能，而自动档摩托车则无法实现。
4. 维护成本不同：自动档摩托车的内部结构相对复杂一些，因此在维护成本上可能会比手动档摩托车高一些。而手动档摩托车的结构相对简单，维护成本较低。