1. 定义不同：
普通大学是指以全日制本科高等教育为主的全日制普通本专科院校，包括985工程、211工程以及各省省属重点大学。而中外合资大学，即中国与外国合法合作者共同投资建设、中国依法管理的大学，其教育主体内容和标准应符合中国教育规范，同时积极引进国外优质教育资源和教学模式。
2. 管理模式不同：
普通大学通常由中华人民共和国教育部统一领导，实行校长负责制，而中外合资大学则实行董事会领导下的校长负责制，董事会成员包括中方的政府代表、行政领导和教授等，外方的合作者代表等。
3. 教育资源不同：
普通大学的师资队伍、教学设施等方面主要依赖国内资源，而中外合资大学在引进国外优质教育资源和教学模式方面具有优势，如采用国际通用教材、实施双语教学、邀请外籍教师授课等。
4. 学生就业前景不同：
普通大学毕业生在国内就业市场具有一定的竞争力，但中外合资大学毕业的学生在国际视野、跨文化沟通能力等方面具有更多优势，更受跨国企业、外企等青睐。
5. 学费不同：
由于中外合资大学在引进优质国外教育资源、聘请外籍教师等方面的投入较大，因此其学费相对较高。