C1驾驶证扣满12分的处理流程如下：
1. 学习理论知识：驾驶员需要到当地的交通管理部门，参加为期七天的交通安全教育课。
2. 考试：教育课后，驾驶员需要参加相关知识的考试，考试内容主要是交通法规和相关知识。
3. 领取满分教育通知书：考试合格后，驾驶员会收到一份满分教育通知书。
4. 办理驾驶证恢复业务：拿着满分教育通知书和身份证、驾驶证等相关证件，到驾驶证核发地或者违法行为地的车辆管理所，办理驾驶证恢复业务。
5. 缴纳罚款：在办理驾驶证恢复业务时，还需要缴纳相应的罚款。
6. 领取新的驾驶证：办理完以上所有手续后，驾驶员可以领取一份新的驾驶证。
需要注意的是，如果在一个记分周期内，驾驶员的累计记分达到12分，除了需要进行以上处理外，还要重新参加科目一的考试。