根据重庆市的限行政策，如果车辆在限行时间内通过了两个或更多的桥梁，可能会面临以下处罚：
1. 罚款：根据《中华人民共和国道路交通安全法》相关规定，违反限行规定的车辆可能会被处以罚款100元。
2. 扣分：部分地区的限行政策还涉及到驾驶证扣分的处罚。具体扣分标准可能因地区而异，需要参考当地的限行规定和交通法规。
3. 无法通过限行道路：在限行时间段内，违规通行的车辆可能被禁止通过限行道路，导致出行不便。
请注意，具体的处罚措施和细则可能会有所不同，建议参考当地的交通管理部门发布的限行政策和处罚规定。