是的，红灯时整车过线后停车是会被扣分的。
根据《中华人民共和国道路交通安全法》中的相关规定：
1. 红灯亮起时，禁止车辆通行； 2. 车辆应当在停止线内等待绿灯信号，除非驾驶员有足够理由证明其未看到或无法判断交通信号灯的状况（如故障等）； 3. 如果车辆在红灯亮起时已经越过停止线，但并未继续行驶而停在人行横道上，不会被视为闯红灯行为，但如果继续行驶通过路口，则被视为闯红灯行为。
因此，如果红灯时整车过线后停车，可能会被电子警察记录并扣除相应的分数。具体扣分情况可能因地区和具体情况而有所不同，建议参考当地的具体规定。