1. 发动机寿命缩短：由于天然气和汽油燃烧方式的不同，使用天然气后，发动机内部的零部件会受到不同的影响。尤其是喷油嘴、火花塞等部件，长期使用天然气可能导致其使用寿命缩短。
2. 动力减弱：天然气相对于汽油来说，热值较低，燃烧时产生的能量较小，因此使用天然气的汽车在动力性能上会受到影响，加速性能降低，爬坡能力减弱。
3. 油耗增加：虽然天然气价格较低，但是其能量密度低，需要更多的气体才能产生相同的动力输出，所以使用天然气的汽车在实际使用中可能会发现油耗有所增加。
4. 尾气排放恶化：虽然天然气是一种清洁能源，但是在燃烧过程中仍然会产生一定的有害物质，如二氧化碳、氮氧化物等。这些物质对环境造成的影响并不比汽油小。
5. 安全隐患增大：天然气罐体通常位于汽车的后备箱内，如果发生泄漏，后果不堪设想。而且，天然气是易燃易爆的气体，如果车辆发生事故，可能会导致严重的爆炸事故。