非广州市籍的小型汽车在广州限行的申请流程如下：
1. 首先，你需要了解广州的限行政策。广州限行政策主要针对非广州市籍的小型汽车，每天限行两个尾号。具体限行规则可以在广州市公安局交通警察支队官网查询。
2. 如果你需要申请限行豁免，可以通过广州市环保部门网站进行网上申请。填写相关信息后，等待审核结果。审核通过后，你将收到一个限行豁免凭证，需要在限行日出示。
3. 如果你的车辆属于运输应急物资、邮政快递、医疗卫生等特殊情况，可以直接在限行日当天到限行区域附近的交通执法站办理通行手续。
4. 需要注意的是，限行政策可能会发生变化，建议关注广州市政府发布的最新限行政策。