外地车辆在苏州市区办理通行证的流程如下：
1. 准备材料：车主需要携带本人的身份证、驾驶证、车辆行驶证、交强险保单以及环保合格证明等材料。
2. 前往指定地点办理：车主需前往苏州市公安局交警支队车辆管理所或指定的机动车检测站进行办理。
3. 填写申请表：车主在指定场所领取并填写《苏州市区通行证申请表》，并按要求提交相关材料。
4. 审核：工作人员对提交的材料进行审核，确认无误后，车主缴纳相应的费用。
5. 领取通行证：审核通过后，车主领取通行证，并在规定的时间内粘贴在车窗右上角。
6. 遵守限行规定：获得通行证的外地车辆需遵守苏州市区的限行规定，否则通行证可能会被吊销。
需要注意的是，不同地区的具体政策可能会有所不同，建议提前咨询当地交通管理部门以获取最准确的信息。