C1驾驶证扣12分的处理方法如下：
1. 学习理论知识：首先，你需要参加为期七天的道路交通安全法律、法规和相关知识的学习。这个学习过程通常被称为“科目一”。在学习期间，你需要认真听讲并完成作业。
2. 参加考试：学习结束后，你需要通过相关知识的考试，也就是“科目一”考试。如果考试未通过，你需要重新学习并再次参加考试，直到通过为止。
3. 办理驾驶证降级手续：如果你在学习理论知识并通过考试后，你的积分仍未达到12分，那么你可以继续驾驶C1驾驶证。但如果你的积分仍然达到或超过12分，那么你还需要办理驾驶证降级手续。这意味着你将失去C1驾驶证，并被降为更低的驾驶执照等级，如C2或者C3等。
4. 重新申请驾驶证：在降级手续办理完成后，你需要重新申请驾驶证。这个过程包括填写申请表、提交身份证明和照片等材料，然后参加相关知识和实际操作的考试。只有在所有考试都通过后，你才能真正恢复驾驶资格。
注意：以上流程仅供参考，具体处理方式可能因地区而异。建议咨询当地交通管理部门以获取最准确的信息。