1. 结构不同：顶杆发动机和链条发动机在内部结构和传动方式上有很大的区别。顶杆发动机的活塞运动是通过顶部杆直接驱动，而链条发动机则是通过链条和齿轮组来驱动的。
2. 性能不同：由于传动方式的差异，链条发动机通常比顶杆发动机具有更好的动力性和燃油经济性。同时，链条发动机的噪音也相对较小。但是，顶杆发动机的结构相对简单，维修起来更加方便。
3. 成本不同：链条发动机的生产成本通常要高于顶杆发动机，因为链条发动机需要更精密的制造工艺和更高的材料要求。因此，在同等排量的摩托车上，链条发动机的价格通常会更高一些。