在12306上购票后，如果您需要退票，系统会根据您所购买的票种类型和退票时间等因素来计算退票费用。
以下是一些可能的原因导致您的退款中扣除部分金额：
1. 您购买的是特殊类型的火车票，如卧铺、动车一等座等，这些车票的退票费用通常高于普通座位票。
2. 您在发车前不足一定时间（通常是2小时）申请退票，这种情况下可能需要支付更高的退票费。
3. 根据铁路部门的规定，某些情况下可能会收取退票手续费，例如在购票后未取纸质车票的情况下直接在线申请退票。
请注意，具体的退票费用计算方式和时间限制请参考中国铁路官方网站或官方客服的解释。