车身因石子撞击而产生的小坑，可以通过以下几种方法进行修复：
1. 快速补漆：这是一种快速修复小面积损伤的方法。首先需要找到专业的汽车喷漆店，他们会根据你的车漆颜色和损伤程度来调配相应的油漆。然后，使用专门的快速补漆工具对受损区域进行打磨、清洁并涂抹油漆，最后用紫外线灯烘干即可。
2. 车身拉皮：这种方法适用于较浅的凹陷。通过使用一个金属棒或橡皮锤，沿着凹陷边缘轻轻敲击，使金属板恢复原状。这种方法需要一定的技巧和经验，否则可能导致更严重的损坏。
3. 专业修复：如果凹陷或坑洞较大，可能需要寻求专业人士的帮助。他们可以使用专门的修复设备（如热熔设备）将凹陷的车身钢板加热至软化状态，然后用压力设备将其压平。这种修复方式效果较好，但成本较高。
4. 重新喷漆：对于大面积或严重损坏的区域，可能需要对整个车身进行重新喷漆。这需要将整个车辆移到喷漆车间，按照原厂车漆进行喷涂。这个过程可能需要几天时间，且费用较高。