车身上的小石子坑可以通过以下方法进行修复：
1. 填平法：使用一个类似牙签或者针的细长工具，将一些类似于砂纸的小颗粒（比如滑石粉）压入坑中。然后轻轻敲打凹陷处，使这些小颗粒填满凹陷并使其稍微高出周围表面。最后用湿润的微纤维布擦拭以去除多余的粉末。这种方法适用于非常小的凹陷和划痕。
2. 喷漆修复：如果凹陷较大或较深，可能需要专业的喷漆修复服务。首先需要清洁车辆受损部位，然后打磨平整，接着涂抹底漆，干燥后再喷涂面漆。最后进行抛光处理以达到完美的外观效果。
3. 钣金喷漆：对于较大的凹陷，可能需要进行钣金修复。钣金师傅会用专门的工具把凹陷的部位重新塑形，然后用焊枪进行焊接。之后进行喷漆修复。
4. 贴膜或车衣：如果车辆是金属漆面，可以选择贴膜或车衣来遮盖凹陷部位。这种方式操作简单且成本相对较低，但可能不如喷漆修复后的效果持久。
以上方法可以根据实际情况选择使用，如果凹陷严重建议寻求专业维修店帮助。