车内脚垫下出现积水的原因可能有以下几点：
1. 车窗密封条老化或损坏。如果车窗密封条老化或者损坏，可能会导致雨水从车窗渗入车内。
2. 车门密封条老化或损坏。车门密封条同样会起到防水的作用，如果密封条破损，雨水可能会从车门缝隙进入车内。
3. 车顶天窗漏水。如果车顶天窗的排水系统出现问题，可能导致水渗入车内。
4. 车辆底盘出现破损。如果车辆的底盘出现破损，可能会导致雨水从破损处进入车内。
5. 车内空调系统出现问题。空调系统的排水口堵塞也可能导致水积聚在车内。
以上情况中，主驾驶座位积水最严重可能是因为主驾驶位置距离车窗和车门的距离最近，因此更容易受到外部环境的影响。建议及时检查上述可能的原因并进行相应的维修处理，以防止积水对车内环境和车辆造成进一步的损害。