是的，会对汽车造成一定的损害。如果车辆长时间处于怠速或停车状态，而空调系统仍然开启，可能会导致以下问题：
1. 增加发动机负担：空调压缩机需要消耗大量的能量来工作，这会增加发动机的负担，可能导致发动机过热、磨损加剧等问题。
2. 电池耗尽：如果空调系统持续工作，会迅速耗尽车辆的电池电量，导致车辆无法启动。
3. 制冷剂泄漏：长时间使用空调会导致制冷剂泄漏，影响空调系统的性能和效果。
4. 管道堵塞：空调系统中的水分可能会在长时间使用后凝结并堵塞管道，影响空调的制冷效果。
因此，如果您需要在停车时保持空调运行，建议将车辆置于怠速状态，或者每隔一段时间让发动机重新启动一次，以减轻其负担并保持电池电量充足。