事故车在4S店进行维修后，可能存在以下问题：
1. 零部件质量：如果维修过程中使用了非原厂或低质量的零部件，可能会影响车辆性能和安全性。
2. 维修技术：维修技师的操作水平、经验等都可能影响到车辆的修复效果。如果技师操作不当，可能导致车辆出现新的问题。
3. 安全隐患：事故车往往存在一定的安全隐患，即使进行了维修，也可能存在潜在的安全风险。
4. 车辆价值：事故车的价值往往会受到影响，即使修复如新，其二手车价值也比非事故车低很多。
5. 保修期：事故车在维修后，可能还会剩余一定时间的保修期。但具体保修内容、范围需要参考购车时的合同条款。