记号笔在纸箱上留下的痕迹很难完全清除，但可以尝试以下方法来减轻其影响：
1. 使用酒精擦拭。酒精是一种常见的溶剂，可以溶解许多类型的墨水。用一块干净的布蘸取一些酒精，然后轻轻擦拭记号笔的痕迹。重复这个过程，直到大部分痕迹消失。
2. 使用橡皮擦或橡皮清洁器。有些橡皮擦专门用于去除墨水痕迹。将橡皮擦轻轻地压在纸上，以去除记号笔的墨水。如果可能，选择一款已用过的橡皮擦，因为它会更柔软且更容易去除墨水。
3. 使用肥皂和水。用一块柔软的布蘸取一些温水和肥皂，然后轻轻擦拭记号笔的痕迹。重复这个过程，直到大部分痕迹消失。然后用清水冲洗并擦干。
4. 如果以上方法都无法去除记号笔的痕迹，可以考虑使用化学清洁剂。这些清洁剂通常具有很强的溶剂性，可以去除顽固的墨水痕迹。但在使用之前，请确保产品不会对纸箱造成损害。
请注意，这些方法可能会对纸箱造成一定程度的损坏，因此在尝试之前，请先在不显眼的地方进行测试。