电瓶车合格证丢失后，可以补办。具体步骤如下：
1. 首先，你需要去购买电动车的商家或者厂家咨询补办手续和所需材料。一般来说，他们会有相应的表格和信息需要填写以及一些必要的证明文件（如购车发票等）。
2. 准备好这些材料后，提交给商家或厂家。他们会根据你的信息查核并核实你的身份和车辆信息后，为你办理新的合格证。
3. 补办合格证可能需要支付一定的费用，这个费用因地区和具体情况而异。一般来说，费用不会太高，可能在几十元到一百元左右。
4. 等待厂家或商家补办完成新的合格证后，领取即可。
请注意，不同地区、不同品牌和不同类型的电动车可能会有不同的规定和要求，所以最好先向销售商或厂家咨询清楚具体的流程和所需资料。