1. 噪音大：由于三缸发动机的物理特性，其在工作时会产生较大的震动和噪音。虽然现在很多厂家都采用了平衡轴等技术来降低噪音，但仍然无法完全消除。
2. 稳定性差：相较于四缸或更多缸数的发动机，三缸机的稳定性较差，容易出现抖动、熄火等问题。
3. 油耗高：为了弥补动力不足的问题，三缸机往往需要提高工作频率，从而增加燃油消耗。
4. 维修成本高：由于结构相对复杂，三缸机的维修成本通常要高于四缸机等其他类型的发动机。
5. 保值率低：由于上述原因，购买三缸车的消费者可能会更倾向于选择其他类型的车辆，因此在二手车市场上，三缸车的保值率相对较低。