在深圳申请汽车通行证，需要按照以下步骤进行：
1. 准备相关材料：身份证、驾驶证、购车发票、交强险保单、车辆合格证等。
2. 登录深圳市交通运输局官网或者深圳交警官网，点击“机动车业务”或“新能源汽车业务”进入申请页面。
3. 选择要办理的业务类型，如小型汽车、新能源汽车等。
4. 填写个人信息和车辆信息，上传所需的材料图片。
5. 确认填写无误后，提交申请。
6. 预约前往车管所办理的时间，按照预约时间前往车管所递交纸质材料，并现场验车。
7. 办理完成后，领取汽车通行证。
注意：不同类型的汽车（如出租车、网约车、货车等）可能需要不同的通行证，具体请参考相关法规和政策。