在深圳，机动车登记证书丢失的话，需要按照以下步骤进行补办：
1. 填写《机动车牌证申请表》。
2. 带上以下材料去车管所办理：
- 车主身份证明原件及复印件（个人为身份证，单位为营业执照或组织机构代码证）； - 委托办理的还需提供委托书和代理人身份证明的原件及复印件； - 机动车的发动机号、车架号（车辆识别代号）的拓印膜各一张； - 若车辆是抵押状态，需提供抵押权人的身份证明及复印件和抵押权人同意办理登记的书面意见。
3. 缴纳补领机动车登记证书工本费。
4. 领取新的机动车登记证书。
以上流程仅供参考，具体办理时可能需要根据当地的政策和规定进行调整。建议在办理前咨询当地的车管所获取最准确的信息。