根据《机动车驾驶证申领和使用规定》，驾驶员在一个记分周期内，如果同时持有汽车驾驶证和摩托车驾驶证的，那么这两本驾驶证的分数是分别累计计算的。也就是说，如果你的汽车驾驶证有6分，摩托车驾驶证有3分，那么在同一个记分周期里，你最多可以累积扣9分。一旦超过了这个限制，那么你就要面临重新学习科目一或者参加满分教育的问题了。
具体的扣分操作上，你需要携带两本驾驶证到当地的交警大队或者车管所去办理违章处理手续。工作人员会核对你的信息并记录你的违章行为，然后按照规定的分值进行扣分。
需要注意的是，如果你在一个记分周期内已经扣满了12分，那么你的汽车驾驶证和摩托车驾驶证都会同时被注销最高准驾车型资格，也就是你会失去驾驶汽车的资格。在这种情况下，你需要重新参加所有科目的考试，才能恢复驾驶资格。