对于校车驾驶员的违章行为，应当依据《中华人民共和国道路交通安全法》和《校车安全管理条例》的规定进行处罚。
1. 罚款：根据具体的违章行为，可以处以200元以上2000元以下的罚款。
2. 扣分：如果涉及驾驶证记分行为的，应当按照相关规定进行扣分处理。
3. 吊销驾照：对于严重的违章行为，如醉驾、肇事逃逸等，可以依法吊销其机动车驾驶证。
4. 刑事责任：对于造成交通事故等严重危害后果的行为，还可能需要承担刑事责任。
5. 其他处罚：对于违反《校车安全管理条例》的其他行为，还可以采取责令整改、暂停或者吊销校车驾驶资格等措施。