对于非法营运的机动车，应当由交通行政管理部门进行查处。具体的处罚措施可能因地区和具体情况而有所不同，但通常包括以下几种：
1. 罚款：根据《道路运输条例》第六十四条规定，未取得道路运输经营许可，擅自从事道路运输经营的，处3万元以上10万元以下的罚款；有违法所得的，没收违法所得。
2. 吊销驾驶证或者道路运输经营许可证：根据《道路运输条例》第六十二条规定，违反本条例的规定，有下列行为之一的，由县级以上道路运输管理机构责令停止经营；有违法所得的，没收违法所得，处违法所得2倍以上10倍以下的罚款；没有违法所得或者违法所得不足2万元的，处3万元以上10万元以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任：（一）未取得道路运输经营许可，擅自从事道路运输经营的。
3. 车辆扣押：对于非法营运的车辆，交通行政管理部门有权予以扣押，并在处罚决定作出后再决定是否归还。
4. 刑事责任：如果非法营运的行为触犯了刑法的相关规定，如危险驾驶罪、重大责任事故罪等，还可能需要承担刑事责任。
需要注意的是，具体的处罚措施应由交通行政管理部门根据实际情况和法律规定来做出。