机动车在高速公路上发生故障需要检查时，应遵循以下步骤停车：
1. 尽量将车辆驶离行车道：在确保安全的情况下，尽量将车辆移至应急车道或者路肩（即硬路肩）上。如果无法移动，应将车辆停在行车道的最右侧，打开双闪警示灯。
2. 设置警告标志：在车辆后方适当距离处（通常为100-150米）设置警告三角标志，提醒其他车辆注意。同时，车上人员应迅速转移到护栏外侧，避免与其他车辆发生碰撞。
3. 报警求救：拨打高速公路救援电话或报警电话求助。在中国，可拨打122或110报警电话寻求帮助。
4. 等待救援：在安全地带等待专业救援人员到来。在此期间，不要试图自行检查或维修车辆，以免发生更严重的事故。