是的，新车在磨合期是可以进行长途行驶的。但是，为了确保车辆性能和延长使用寿命，建议在磨合期内遵循以下几点：
1. 避免高速行驶：磨合期的新车应尽量避免长时间高速行驶，时速最好保持在60-80公里/小时，不要频繁地急加速或急刹车。
2. 平稳驾驶：尽量保持平稳的驾驶方式，避免剧烈驾驶，如急加速、急刹车等。
3. 注意油量：在长途行驶中要注意检查油量，及时加油，确保发动机正常工作。
4. 轮胎压力：定期检查轮胎压力，保持标准气压，以提高燃油效率和减少轮胎磨损。
5. 注意水温：长途行驶时要注意观察水温表，保持水温在正常范围内（一般在90-100摄氏度）。
6. 适时休息：在长途行驶中要适时休息，让车辆得到充分冷却和润滑。
7. 遵守保养规定：按照厂家推荐的保养时间和里程进行首保，更换机油、机油滤芯等重要部件。