当更换电池后发动机故障灯亮起时，可能有以下几种原因：
1. 电池连接不良：在安装新电池时，可能没有正确连接电池的正负极，导致发动机控制单元（ECU）无法接收到正确的信号。检查电池连接并确保其正确无误。
2. 电子点火系统故障：发动机故障灯也可能与电子点火系统有关。检查火花塞、点火线圈等部件是否正常工作。
3. 燃油系统问题：燃油泵、喷油器或其他燃油系统部件的故障可能导致发动机故障灯亮起。检查燃油系统并进行必要的维修。
4. 传感器故障：发动机控制单元依赖于多个传感器来获取数据，如氧传感器、曲轴位置传感器等。这些传感器的故障可能导致发动机故障灯亮起。检查相关传感器并更换有问题的部件。
5. 软件问题：发动机控制单元内的软件可能存在故障或不兼容新问题。需要重新刷新或升级ECU软件。
建议您将车辆送到专业的维修店进行检查和维修，以确保问题得到妥善解决。