1. 结构不同：手自一体变速器（Manual-shift Automated Transmission，简称MSAT）实际上是由传统的手动变速器和自动变速器两种形式组合而成的。它的结构包括手动和自动两部分，既有手动挡的离合器、换挡拨叉等装置，也有自动挡的液力变矩器等装置。而AT（Automatic Transmission）即自动变速器，其结构主要由液力变矩器、行星齿轮、液压控制系统和电子控制系统等组成。
2. 操作方式不同：手自一体变速器的操作方式是驾驶员可以手动切换档位，也可以让车辆自动换挡；而AT变速器则完全由电脑根据驾驶情况自动控制换挡过程，驾驶员无需手动干预。
3. 驾驶体验不同：手自一体变速器在驾驶过程中，驾驶员可以根据需要自由切换手动和自动模式，既可以在需要激烈驾驶时手动切换档位以获得更好的动力输出，也可以在需要轻松驾驶时让车辆自动换挡以减轻驾驶疲劳；而AT变速器由于完全由电脑控制，驾驶者无法直接操控，因此驾驶体验相对单一。