是的，小排量汽车在跑长途时可能会对发动机造成一定的损伤。这是因为小排量汽车的发动机在设计时就考虑到燃油经济性和低排放，因此在高转速下可能无法提供足够的动力输出。长时间的高转速运行可能会导致发动机过热、磨损加剧等问题，从而影响发动机的使用寿命和性能。
此外，小排量汽车通常采用较低的变速器齿轮比，以降低行驶速度并提高燃油经济性。这种设计使得车辆在高速行驶时发动机转速较高，可能导致发动机过度负荷和磨损。
然而，这并不意味着小排量汽车不能进行长途行驶。只要驾驶员注意保持适当的转速和车速，避免长时间高速行驶，小排量汽车完全可以胜任长途驾驶任务。同时，定期进行保养和维护也有助于保护发动机免受损伤。