在南京，缴纳车辆购置税可以通过以下步骤在网上进行：
1. 首先，你需要在南京市国家税务局的官方网站上注册一个账号并登录。
2. 然后，点击“网上办税”或类似的选项进入网上办税系统。
3. 在网上办税系统中，选择“车辆购置税申报”或者类似的项目。
4. 根据提示输入你的车辆信息，包括车辆识别号（VIN）、发动机号等。
5. 确认无误后，提交申请。
6. 系统会生成一个缴款代码和二维码，你可以用手机扫描这个二维码来支付税款。你也可以手动输入缴款代码来进行支付。
7. 支付成功后，你会收到一条确认短信，这就表示你已经成功缴纳了车辆购置税。
注意，以上流程可能会因为系统的更新而有所变化，具体操作请参考南京市国家税务局的官方网站上的说明。如果你在使用过程中遇到问题，可以拨打官方客服电话进行咨询。