处理公司车辆的违章证明需要以下步骤：
1. 确认违章信息：首先，你需要从相关部门（如交通管理部门或网上服务平台）获取违章信息的详细信息。这些信息通常包括违章日期、地点、行为描述和罚款金额等。
2. 准备相关材料：根据违章信息，准备好相关的证明材料。这些材料可能包括驾驶证、行驶证、车辆登记证书等。确保所有文件都是最新且完整的。
3. 缴纳罚款：如果违章行为涉及到罚款，你需要在规定的时间内缴纳罚款。罚款可以通过线上银行转账或者线下支付的方式进行。请保留好缴费凭证以备后续使用。
4. 办理扣分手续：如果你的驾驶证需要扣分，你需要到车管所或者交警大队办理扣分手续。提供驾驶证、身份证等相关证件，工作人员会核实信息后进行扣分操作。
5. 保存记录：将违章证明和相关材料保存在安全的地方，以备后续的保险理赔或其他可能需要用到这些资料的情况。
6. 分析并防止再次发生：分析违章产生的原因，采取措施防止类似情况再次发生。例如加强员工交通安全培训、优化路线规划等。
注意：以上流程仅供参考，具体操作请参照当地的相关规定和政策。