处理公司车辆违章的方法如下：
1. 确认违章信息：首先，需要确认车辆的违章记录。可以通过网上查询、手机APP或者到车管所进行查询。
2. 准备相关材料：处理违章时需要提供驾驶证、行驶证、身份证等相关证件。如果违章是电子眼抓拍的，只需要提供行驶证；如果是现场处罚的，则需要提供驾驶证和身份证。
3. 缴纳罚款：根据违章行为的严重程度，可能需要缴纳一定数额的罚款。罚款可以通过线上支付或者线下银行转账的方式进行缴纳。
4. 扣分：如果违章行为涉及到驾驶证扣分，那么需要在规定时间内到车管所或者交警大队进行处理。
5. 学习培训：对于严重的违章行为，可能需要进行道路交通安全法律法规的学习和培训。
6. 记录备案：处理完违章后，需要将处理结果记录在车辆的档案中，以备后续的检查和审核。
总之，处理公司车辆违章需要按照相关规定进行操作，确保违章问题得到妥善解决。