在东莞申请的车牌，可以在深圳行驶。但是需要遵守以下规定：
1. 车辆必须符合深圳市的限行规定，例如外地车需要在早晚高峰期禁止上道路行驶。具体限行措施可以查询深圳市交通委员会官网或者关注“深圳交警”微信公众号了解。
2. 如果你的车辆在东莞市上牌时已经办理了深圳市的通行证（或类似证件），那么在深圳行驶不需要再次办理。如果没有办理，可以在到达深圳后通过手机APP或到深圳市交警支队办理临时通行证件。
3. 在深圳行驶时，请遵守交通规则和限行措施，确保行车安全。
4. 如果你长期在深圳工作或生活，建议将车辆转移到深圳市上牌，这样在使用过程中会更加方便。