1. 抖动问题：由于三缸发动机的物理特性，其在工作时会产生比四缸更多的震动。虽然现代制造工艺已经大大减少了这种震动的传递，但在行驶过程中，驾驶员仍然能感受到一定程度的抖动，影响驾驶体验。
2. 噪音问题：同样因为振动的问题，三缸发动机在运行中产生的噪音相对较大，尤其是在冷启动阶段，噪音尤为明显。
3. 维修成本：由于结构简单，零部件较少，三缸机的维修成本相对较低，但同时也意味着它的零部件更昂贵，一旦出现问题更换起来比较麻烦。
4. 燃油经济性：理论上讲，三缸机由于结构简化，应该具有更好的燃油经济性。但实际上，由于制造工艺和材料等因素的限制，目前市场上的三缸机在燃油经济性方面并没有明显的优势。
5. 保值率：由于上述原因，购买三缸车的消费者往往对车辆的使用体验不满意，因此在二手车市场上，三缸车的保值率普遍较低。