当车辆违章被扣12分时，驾驶员需要采取以下步骤来处理：
1. 学习法规：首先了解交通法规，确保自己知道哪些行为会导致扣分。
2. 接受处罚：前往交通管理部门或者指定的罚款点缴纳罚款。罚款金额通常根据具体违章行为和当地政策而定。
3. 参加科目一考试：在缴纳罚款后，驾驶员需要参加由交通管理部门组织的交通法规知识考试（即科目一）。只有通过考试并取得合格成绩，才能重新获得驾驶证。
4. 驾驶证降级：如果驾驶员的驾驶证已经被扣满12分，那么其驾驶证将被暂时吊销。驾驶员需要在考试合格后，按照交通管理部门的规定，参加驾驶证降级手续。这意味着你可能需要重新申请一个更低的驾驶等级。
5. 重新取得驾驶证：在完成以上所有步骤后，驾驶员可以重新获得驾驶证并继续驾驶车辆。在此之后，务必严格遵守交通法规，避免再次出现扣分情况。
请注意，以上建议仅供参考，具体操作请遵循当地交通管理部门的政策和要求。