是的，C1驾驶证在试用期内扣分是有影响的。
根据《机动车驾驶证申领和使用规定》中相关规定：
1. 持有C1驾驶证的驾驶员在一个记分周期内被记满12分的，公安机关交通管理部门应当扣留其机动车驾驶证。
2. 驾驶员应当在十五日内到机动车驾驶证核发地或者违法行为地公安机关交通管理部门参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识学习。
3. 参加学习后，驾驶员应当在二十日内参加道路交通安全法律、法规和相关知识考试。
4. 考试合格的，记分予以消除，发还机动车驾驶证；考试不合格的，继续参加学习和考试。
5. 拒不参加学习，也不接受考试的，由公安机关交通管理部门公告其机动车驾驶证停止使用。
6. C1驾驶证实习期扣满6分但未满12分的，不会延长实习期，但需要注意遵守交通规则，避免再次扣分。