C1驾驶证扣3分，需要按照以下步骤处理：
1. 学习相关知识：了解交通法规、驾驶证管理规定等相关知识，确保自己清楚明白违章行为的后果和处罚。
2. 缴纳罚款：根据交通违章决定书上的罚款金额，在规定的时间内将罚款交清。通常需要在收到罚单后的15天内完成缴费。
3. 参加满分教育：如果你的扣分达到了12分或者以上，除了缴纳罚款外，还需要参加道路交通安全法律、法规和相关知识的教育（即“满分教育”）。
4. 参加科目一考试：通过满分教育后，你需要参加机动车驾驶证科目一（理论考试）的考试。只有考试合格，才能清除记分，恢复驾驶证的正常使用。
5. 注意年审：C1驾驶证在一个计分周期内扣分未满12分的，不影响下一年的驾驶证年审。但若扣分达到12分或以上，则需要按照规定参加满分教育和考试，否则会影响驾驶证的使用。
总之，C1驾驶证扣3分的情况下，只需要按时缴纳罚款并参加满分教育即可。