C1驾驶证扣满12分的处理方法如下：
1. 学习理论知识：驾驶员需要到当地的交通管理部门，参加为期七天的交通安全教育课。
2. 科目一考试：在学习完之后，驾驶员需要参加相关科目的考试，即交通法规和相关知识考试，也就是科目一考试。如果这次考试不通过，那么之前的学习就白费了，还需要重新学习。
3. 领取新驾驶证：如果科目一考试通过，那么驾驶员就可以领取新的驾驶证了。需要注意的是，领取的新驾驶证的实习期会按照原驾驶证的实习期计算。
4. 注意事项：在实习期内，驾驶员不能驾驶营运车辆或者执行特种任务的车辆；如果在实习期内再次扣分达到12分，那么驾驶证就会被注销。