是的，C1驾驶证持有人驾驶电动车被扣12分需要参加科目一的理论考试。因为电动车属于机动车范畴，而C1驾驶证不能驾驶摩托车（包括电动摩托车），所以驾驶电动车属于无证驾驶或驾驶与驾驶证载明的准驾车型不相符合的车辆，按照规定应一次性扣12分。
根据《机动车驾驶证申领和使用规定》：
第六十八条 机动车驾驶人在一个记分周期内累积记分达到12分的，公安机关交通管理部门应当扣留其机动车驾驶证。
机动车驾驶人应当在十五日内到机动车驾驶证核发地或者违法行为地公安机关交通管理部门参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识学习。
机动车驾驶人参加学习后，车辆管理所应当在二十日内对其进行道路交通安全法律、法规和相关知识考试。
考试合格的，记分予以清除，发还机动车驾驶证；考试不合格的，继续参加学习和考试。
拒不参加学习，也不接受考试的，由公安机关交通管理部门公告其机动车驾驶证停止使用。