1. 成本较高：高压共轨系统需要使用更高的压力进行燃油的喷射，因此需要更精密和复杂的燃油系统。这导致了系统的制造成本增加，从而使得高压共轨发动机的整体成本也相应提高。
2. 维修困难：由于高压共轨系统的复杂性和精密性，一旦发生故障，维修起来相对困难，而且维修成本也相对较高。
3. 燃油消耗率较高：虽然高压共轨技术可以更好地控制燃油的喷射量，但是由于其本身的设计特点，燃油消耗率仍然比传统的柴油机要高一些。
4. 噪音较大：高压共轨发动机在燃烧过程中会产生较大的噪音，尤其是在高速行驶或者急加速时，噪音更为明显。
5. 排放处理难度较大：高压共轨发动机在燃烧过程中产生的废气成分较为复杂，因此在排放处理方面的要求更高，需要采用更加先进的排放处理技术。