马自达汽车在南京生产的原因有以下几点：
1. 降低成本和提高效率：在中国建立生产基地可以大大降低生产成本，提高生产效率。南京作为中国的经济中心之一，拥有丰富的劳动力资源和完善的产业链配套，这对于马自达这样的汽车制造商来说具有很大的吸引力。
2. 市场战略：马自达在中国的销售主要集中在华东地区，而在南京设立工厂有助于缩短物流距离，降低运输成本，提高产品的市场竞争力。
3. 政策支持：中国政府对汽车制造业的发展给予了大力支持，包括税收优惠、土地优惠等政策。这些政策对于马自达在南京投资建厂起到了积极的推动作用。
4. 技术合作：马自达与中国的汽车制造商有着广泛的技术合作，例如与一汽集团的合作。在南京设立工厂有助于深化这种合作关系，实现双方的共赢发展。