1. 车身结构不同：马自达3两厢车是一款掀背式轿车，其后备箱是直接连接车厢的，打开后备箱可以直接进入车厢。而三厢车的后备箱则是与车厢独立的，中间有一道保险杠相隔。
2. 后备箱空间大小和实用性：由于两厢车的后备箱与车厢直接相连，因此其后备箱的空间相对较小，储物能力不如三厢车。但两厢车的后备箱开口大，取放物品方便。而三厢车的后备箱与车厢有隔离，虽然储物空间大，但在取放物品时可能不如两厢车方便。
3. 外观造型：两厢车的车身线条更为流畅、动感，看起来更时尚；而三厢车则显得较为传统、稳重。
4. 价格差异：一般来说，两厢车的售价会比三厢车稍低一些。