是的，会被处罚并扣分的。
根据《中华人民共和国道路交通安全法》的规定：
1. 驾驶中型以上载客载货汽车、危险物品运输车辆在高速公路、城市快速路以外的道路上行驶超过规定时速未达20%的，记3分； 2. 驾驶中型以上载客载货汽车、危险物品运输车辆以外的机动车在高速公路、城市快速路以外的道路上行驶超过规定时速未达20%的，记3分； 3. 驾驶其他机动车行驶超过规定时速未达20%的，记3分。
所以，限速40公里/小时的道路以50公里/小时的速度行驶，属于超速未达20%的情况，会被处以扣分和罚款的处罚。具体的罚款金额和扣分情况可能因地区和具体情况而有所不同，建议咨询当地交通管理部门或查看相关法规了解详细信息。