1. 产地不同：正山小种产于中国福建省武夷山市，而金骏眉则是在正山小种的基础上改良而来，同样产自福建武夷山。
2. 原料不同：正山小种选用的是武夷山当地传统的小种茶树品种作为原料；金骏眉则是选用武夷山国家级自然保护区内的野生茶树芽头为原料。
3. 制作工艺不同：正山小种采用传统的发酵、萎凋、揉捻、干燥等工艺制作而成；金骏眉则在传统工艺基础上增加了发酵时间以及烘焙温度的提高，使得茶叶更加香醇。
4. 品质特点不同：正山小种以松烟香、桂圆汤、甘醇味著称；金骏眉则以果香、花香、甘甜味为主，且金骏眉的色泽更为金黄，条索紧结秀丽。