如果车主和行驶证不是同一个人，那么处理违章的方法如下：
1. 首先需要确认违章的情况。如果是现场违章（交警当场开具的罚单），则需要违章人（即行驶证持有人）亲自去交警部门处理；如果是电子眼抓拍的非现场违章，可以由车主代为处理。
2. 如果违章人是车主的直系亲属或朋友，可以提供相关的关系证明（如户口本、结婚证等），然后由车主携带相关证件前往交警部门办理违章处理手续。
3. 如果违章人和车主之间有经济纠纷或其他争议，建议先通过法律途径解决争议，然后再进行处理违章事宜。
4. 如果违章人是车主雇佣的司机或者其他相关人员，可以要求违章人出具书面情况说明，并签字确认，然后由车主携带相关证件前往交警部门办理违章处理手续。
5. 在处理违章时，需要提供行驶证、驾驶证、身份证等相关证件，以及车辆保险单。如果车辆有交强险，保险公司会承担相应的赔偿责任。如果没有交强险，则需要违章人自行承担相应的经济损失。