车辆上牌后，合格证会被车管所收走存档。这是因为合格证是车辆的合法证明之一，在车辆登记、上牌过程中起着至关重要的作用。当车主完成购车、缴纳购置税、保险等一系列手续后，需要将车辆开到车管所，进行查验、拍照等环节，最后完成上牌。在这个过程中，车管所会对车辆的相关信息进行审核，包括检查车辆识别代号（VIN）是否一致，发动机号是否一致等。审核通过后，车管所会在合格证上盖章，确认车辆合法，然后将其收走存档。所以，当你完成车辆上牌后，合格证已经被车管所收走了。不过你可以在车管所的档案室查询到合格证的存根信息。