根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十二条规定：
公路客运车辆载客超过额定乘员的，处二百元以上五百元以下罚款；超过额定乘员百分之二十或者违反规定载货的，处五百元以上二千元以下罚款。
货运机动车超过核定载质量的，处二百元以上五百元以下罚款；超过核定载质量百分之三十或者违反规定载客的，处五百元以上二千元以下罚款。
有前两款行为的，由公安机关交通管理部门扣留机动车至违法状态消除。
运输单位的车辆有本条第一款、第二款规定的情形，经处罚不改的，对直接负责的主管人员处二千元以上五千元以下罚款。
至于扣分，根据《机动车驾驶证申领和使用规定》附件2的规定：
驾驶营运客车（不包括公共汽车）、校车载人超过核定人数20%以上的，一次记12分。
所以，如果被查处超员100%以上，将面临罚款和扣分的处罚。具体的罚款金额和扣分情况可能因地区和具体情况而有所不同，建议咨询当地的交通管理部门。