航班取消扣除手续费的常见原因有以下几点：
1. 航空公司规定：许多航空公司在客户订票时，会在条款中明确说明，如果航班因故取消，会收取一定的手续费。这是航空公司为了弥补因航班取消而造成的损失和运营成本。
2. 保险问题：如果您购买了旅行保险或者航空意外险等，可能会在保险合同中约定，航班取消的情况下保险公司不承担赔偿责任，因此需要您承担部分费用。
3. 退票政策：即使您没有购买任何保险，但航空公司通常会有自己的退票政策。根据该政策，航班取消属于非自愿退票，可能需要支付一定比例的手续费。
4. 第三方代理：如果您是通过旅行社或第三方代理商购买的机票，他们可能会在购票时告知您，航班取消时需要支付一定的手续费。这是因为代理商需要向航空公司支付一定的手续费才能为您购买机票。
总之，航班取消扣除手续费的原因可能有很多，具体还需要看您的购票协议、航空公司政策和具体情况而定。