自动启停功能在车辆行驶过程中，会频繁地关闭和启动发动机，这会对发动机造成一定的磨损。此外，频繁的启动和停止也会对车辆的传动系统产生不良影响，如增加离合器、变速器的磨损等。以下是一些具体的缺点：
1. 降低燃油经济性：自动启停功能会在车辆等待红绿灯或暂时停车时关闭发动机，但在这个过程中，车辆仍然会产生一定的阻力，导致油耗的增加。
2. 影响驾驶体验：自动启停功能的频繁启动和停止可能会让驾驶员感到不适，尤其是在拥堵的市区道路中行驶。
3. 可能导致系统故障：自动启停系统的频繁使用可能会导致相关部件过早老化或损坏，从而引发故障。
4. 可能带来安全隐患：虽然自动启停功能可以在短时间内重新启动发动机，但在某些情况下，如车辆突然加速或者遇到突发情况需要紧急刹车时，自动启停功能可能会影响到车辆的性能和安全。