电瓶车充电器绿灯闪烁可能是由于以下几种原因导致的：
1. 充电器故障。充电器内部的电子元件可能出现问题，导致绿灯无法正常亮起或熄灭。
2. 电瓶故障。电瓶的充电管理模块可能出现故障，导致充电器无法正确识别电瓶的状态。
3. 连接线问题。检查一下连接电瓶和充电器的线缆是否出现破损、断裂等问题，这可能导致信号传输出现问题。
4. 控制板问题。充电器内部的控制板可能存在故障，导致绿灯无法正常工作。
5. 软件问题。如果您的电动车带有智能充电管理系统，可能是系统软件出现故障，需要更新或者恢复出厂设置。
建议您首先检查连接线和电瓶状态，然后尝试更换一个同型号的充电器进行测试，以判断是否是充电器的问题。如果问题仍然存在，那么可能需要将车辆送到专业的维修店进行检查和修复。